Ш.Худайкулова работает на кафедре узбекского и русского языков Университета мировой экономики и дипломатии с 2017 года и преподаёт узбекский язык студентам факультета международной экономики и менеджмента, международного права, международных отношений, а также студентам Южнокорейского университета иностранных языков Ханкук по программе обмена. В качестве независимого научного сотрудника Ташкентского государственного университета узбекского языка и литературы имени Алишера Навои в 2022 году защитила докторскую диссертацию (PhD) по филологическим наукам на тему “Семантико-стилистические особенности аксиологической лексики узбекского языка” (10.00.01 – специальность узбекский язык). Ш.Худайкулова приняла участие в традиционной научно-практической конференции на тему "Языковое образование и проблемы перевода в подготовке кадров для внешнеполитических и внешнеэкономических связей“, прошедшей в Анкаре, Турция, 24-26 ноября 2023 года, в конференции "Международное образование и Инновационные науки“, а также ею была прочитаны лекции на ”Международной образовательной конференции STEM-5“ и конференциях ”Международные преподаватели", которые были проведены совместно в кампусе Университета Ибн Халдун в Стамбуле, Турция, 6-7 июля 2024 года.  За свою трудовую деятельность она стала автором около 30 научных статей, монографии “Семантико-стилистические особенности аксиологической лексики узбекского языка” и учебно-методического пособия “Материалы к интерактивным лекциям по развитию письменной грамотности (работа в системе moodle)”. Кроме того, Ш.Худайкулова регулярно публикуется в следующих изданиях - ”Междисциплинарный научно-технический журнал" (ISSN: 2582-4686) (импакт-фактор: 8.848 / 2023.), ”Журнал языкового образования и исследований" (Clere), "Multidisciplinary Journal of science and technology" (ISSN: 2582-4686). Член редколлегии журнала "Dil Eğitimi ve Araştırmaları Dergisi" (ISSN: 2149-5602.). 

В настоящее время, являясь независимым исследователем (DSc) в Ташкентском государственном университете узбекского языка и литературы имени Алишера Навои, занимается аксиологической лингвистикой, отражением аксиологической лексики в языковых единицах, языком национальных ценностей и произведений искусства, лингвистическим выражением культурных ценностей в произведениях искусства, проводит исследование на тему “Аксиолингвистический анализ языковых приёмов в современных узбекских художественных текстах” по вопросам изучения универсальных и культурно-специфичных аксиолингвистических ценностей в языке художественной литературы.